tela-nota

Une info du Gbif France :

La base de données de l' Inventaire national du Patrimoine naturel (INPN) a été connectée au GBIF, grâce à l'aide de l'équipe du point nodal. Cette base de données d'observations de spécimens, recouvrant la France métropolitaine, est désormais à la 5ème place du classement mondial des fournisseurs de données au GBIF, avec plus de 5 millions d'enregistrements.

Pour faire référence à une plante de la flore en ligne de Tela Botanica, sur chaque fiche, afficher un lien "Citer", qui affichera le code HTML à copier-coller dans son blog, dans son site web ... Ainsi, le code suivant :

 <a href="http://www.tela-botanica.org/eflore/BDNFF/nn/182" target="_blank">Erable de Montpellier
 <img src="http://www.tela-botanica.org/cel/www/org.tela_botanica.Cel/tela.gif" border="none" alt="Erable de Montpellier" /></a>

Affichera

Erable de Montpellier

Tout d'abord quelques petites explications sur ce titre me semblent nécessaires. C'est quoi le LSID et le TDWG?

Le LSID, pour faire court, signifie "Life Science Identifiers". C'est une façon de nommer et de trouver de l'information liées aux sciences de la vie sur le web.

Le TDWG (Taxonomic Database Working Group), est un groupement international à but non lucratif qui vise à développer des standards et des protocoles pour partager des données sur la biodiversité. Une institution qui est là pour nous faciliter la vie, nous travailleurs de la base de données naturalistes! Alors, voyons voir un peu ce qu'il nous propose dans le cadre des LSID...

Les lexiques des LSID sont les éléments constitutifs de l'ontologie globale du TDWG. Ils fournissent les informations nécessaire pour décrire les objets échangés dans la communauté des organismes gestionnaire de données sur la biodiverstié. La première utilisation de ce vocabulaire a eut lieu dans le cadre du mécanisme de résolution des LSID - d'où son nom -, mais ils peuvent être utilisés dans n'importe quel format XML ou technologie du Web sémantique, afin d'exprimer les notions liées à la biodiversité.

Ce qui m'a semblé réellement intéressant dans cet énorme travail, c'est la mise à disposition libre et gratuite, d'informations sur la façon de structurer des informations. Il existe déjà de disponible plusieurs ontologies tels que :

• Nom des taxons
• Rang des taxons
• Concept de taxon
• Présence de taxons

D'autres sont encore en travaux :

• Personne
• Équipe
• Citation de publication
• Institution
• Collection

Toutes ces ontologies sont gérées à l'aide d'un gestionnaire de version de fichiers et selon un protocole clairement définit et accessible.

Les normes de structuration de l'information naturaliste qui sont proposées par le TDWG peuvent, par exemple, nous permettre de mettre en place des services web permettant à deux sites web de se communiquer des informations entre eux. Mais elles vont surtout nous guider sur la façon de structurer nos données au sein de nos propres bases de données.

Disposer de tels documents peut nous faire gagner énormément de temps

Source :

• TDWG : http://www.tdwg.org/
• LSID : http://en.wikipedia.org/wiki/LSID

Scratchpad est une plateforme collaborative, basée sur Drupal, destinée aux taxonomistes pour construire, partager, gérer et publier leurs données sur le Web.

Quelques fonctionnalités :

• Gestion de cartes de répartitions (basé sur Google Map)
• Forum
• Gestion de documents
• Outils de construction de classifications
• Gestion de bibliographie
• Gestion de spécimens (avec export automatique vers le GBIF)
• Outils de gestion d'images (upload/download, lien avec flickr)
• Base de données sur mesure
• Catalogage de séquences ADN
• Gestion d'arbre phylogénétique au format Newick

Développé dans le cadre du Work Package 6 de l'EDIT (European Distributed Institute of Taxonomy), il est disponible sous forme d'espace de travail Web hébergés par le Musée d'Histoire Naturelle de Grande Bretagne, les contenus sont obligatoirement sous licence cc-nc-sa 3.0.

Commentaires : De très bonnes idées et outils (comparable à EOL), mais sur une trentaine de projets crées aucun ne semble véritablement actif (manque d'animation ?, structuration trop contraignante ?), la plateforme est toujours en cours de construction (mai 2008), les temps de réponse sont élevés ce qui rend peu pratique la navigation, les sources logicielles ne semblent pas disponibles ...

Présentation par Roderic Page, du résultat d'une séance de travail IAG/BIG portant sur les débuts du projet Encyclopedia Of Life : est repris le constat déjà établi sur Iphylo : manque actuel (et crucial) de contenu. Des pistes d'amélioration : assembler des informations depuis d'autres projets (GBIF, Wikipedia etc.) comme le fait Ispecies ou alors utiliser l'annotation collective, pour améliorer le contenu, en s'inspirant de ce que propose Google pour les images ...