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Scratchpad : outils collaboratifs pour taxonomistes.

Scratchpad est une plateforme collaborative, basée sur Drupal, destinée aux taxonomistes pour construire, partager, gérer et publier leurs données sur le Web.

Quelques fonctionnalités :

  • Gestion de cartes de répartitions (basé sur Google Map)
  • Forum
  • Gestion de documents
  • Outils de construction de classifications
  • Gestion de bibliographie
  • Gestion de spécimens (avec export automatique vers le GBIF)
  • Outils de gestion d'images (upload/download, lien avec flickr)
  • Base de données sur mesure
  • Catalogage de séquences ADN
  • Gestion d'arbre phylogénétique au format Newick

Développé dans le cadre du Work Package 6 de l'EDIT (European Distributed Institute of Taxonomy), il est disponible sous forme d'espace de travail Web hébergés par le Musée d'Histoire Naturelle de Grande Bretagne, les contenus sont obligatoirement sous licence cc-nc-sa 3.0.

Commentaires : De très bonnes idées et outils (comparable à EOL), mais sur une trentaine de projets crées aucun ne semble véritablement actif (manque d'animation ?, structuration trop contraignante ?), la plateforme est toujours en cours de construction (mai 2008), les temps de réponse sont élevés ce qui rend peu pratique la navigation, les sources logicielles ne semblent pas disponibles ...

Plugin multi-catégorie pour Dotclear

Indispensable, les multi-catégories pour Dotclear <2. Allez hop on installe sur ce blog (cf Admin/Outils/MultiCategories).

Naviguer dans un arbre

Vu depuis Iphylo, un exemple de navigation dynamique dans un arbre, avec de beaux effets de transition, remplacerait avantageusement la navigation par taxon,hiérarchique et statique, de eflore.

Obtenir les coordonées GPS lors de la réponse renvoyée par Google Maps pour une recherche de lieu avec JAVA et GWT

Lors d'une requête de Géocoding (pour trouver les coordonnées d'un lieu à partir de son adresse), l'objet JSON renvoyé par Google Maps est assez obscur, il contient des tableaux qui contiennent des objets qui contiennent eux même des tableaux et des objets, etc... Les coordonnées GPS, qui sont les données qui nous intéressent en particulier, sont bien cachées. Voici un morceau de code qui envoie une requête avec un nom de lieu au serveur de google et récupère les coordonnées GPS, Pour l'afficher dans un fenêtre gwt avec un marqueur.

public void ChercherCommuneSurCarte(String location, final GoogleMap gmap, final Panel googleWindow)
 {  
     // les espaces dans la location sont remplacés par des tirets pour ne pas fausser l'url
	  location = location.replaceAll(" ","-");
     //	  
     // voici l'url à appeler pour la requête vers le serveur, il faut remplacer la valeur de key par la valeur donnée lors de l'enregistrement de
     // votre site sous google maps
     String url = "http://maps.google.com/maps/geo?q="+location+"&output=json&key="ABCDEUHOJHLKDJDuhuiefffe-zefzezf" ; 
         //
	  HTTPRequest.asyncGet(url, new ResponseTextHandler() 
         {
                // attend la réponse du serveur
		public void onCompletion(String responseText) 
               {		
                       // qui va nous renvoyer un objet JSON
			JSONValue responseValue = JSONParser.parse(responseText);
                       //
			if(responseValue.isObject() != null)
			{
				// on obtient le code de la réponse pour en vérifier la validité 
				float reponseCode = Float.parseFloat(responseValue.isObject().get("Status").isObject().get("code").toString());
				if(reponseCode == 200)
				{
					// l'objet Json reçu est complexe et la latitude et la longitude sont "cachées"
					// parmi un ensemble de variable que l'on doit fouiller
					JSONValue place = responseValue.isObject().get("Placemark").isArray().get(0);	
					JSONValue point = place.isObject().get("Point");
					JSONArray coord = point.isObject().get("coordinates").isArray() ;	
                                       //
					// on récupère latitude et longitude
					float X = Float.parseFloat(coord.get(1).toString());
					float Y = Float.parseFloat(coord.get(0).toString());	
                                       //	
					// on crée un marqueur
					LatLonPoint nCentre = new LatLonPoint(X,Y);
					GoogleMarker mk = new GoogleMarker(nCentre);
					mk.setIcon("obs.ico");
                                       //
					// qu'on pose sur la carte et on centre !
					gmap.setCenterAndZoom(nCentre, 10);
					gmap.addMarker(mk);
                                       // enfin on ouvre la fenêtre contenant la carte mise à jour
					googleWindow.show();
				}
				else
				{
                                        // si le code de la réponse != 200 alors il n'y a aucun résultat
					com.google.gwt.user.client.Window.alert("Aucune commune trouvée pour ce nom");
				}		
			}
			else
			{
                                // si l'objet JSON renvoyé est nul alors il y a un problème serveur ou dans la requete
				com.google.gwt.user.client.Window.alert("Erreur dans la requête : aucun résultat trouvé");
			}		
		}		  
	  });
  }

Analyse des débuts de l'EOL par le IAG

Présentation par Roderic Page, du résultat d'une séance de travail IAG/BIG portant sur les débuts du projet Encyclopedia Of Life : est repris le constat déjà établi sur Iphylo : manque actuel (et crucial) de contenu. Des pistes d'amélioration : assembler des informations depuis d'autres projets (GBIF, Wikipedia etc.) comme le fait Ispecies ou alors utiliser l'annotation collective, pour améliorer le contenu, en s'inspirant de ce que propose Google pour les images ...

TapirLink

TapirLink, fournisseur de données au format TAPIR vient de sortir, son auteur lance un appel à installation et test ce logiciel que l'on peut récupérer ici et valider au moyen du TapirTester.

Mysql, PhpMyAdmin et UTF-8

Pour correctement utiliser l'UTF-8 dans PhpMyAdmin 2.10 et supérieur.

Lire la suite...

MysqlWorkbench : résoudre le problème de "GRT" sous Mandriva 2007

Sous Mandriva 2007, installer MysqlWorkbench avec les rpm pour Fedora Core 5.

Lancer MysqlWorkbench dans la console avec les paramètres DEBUG=Y GRT_VERBOSE=Y mysql-workbench. Répérer les lignes dans les fichiers Workbench.lua et WorkbenchImport.lua qui posent problèmes. Puis effectuer les corrections ci-dessous.

  • Remplacer dans Workbench.lua :
    • local lowestX= 9999999999.0; par local lowestX= 9999999999;
    • local lowestY= 9999999999.0 par local lowestY= 9999999999
    • local highestX= 0.0 par local highestX= 0
    • local highestY= 0.0 par local highestY= 0
  • Remplacer dans WorkbenchImport.lua :
    • local xF= 1.5 par local xF= 2

Normalement, cela devrait marcher. En tout cas, cela fonctionne sous Mandriva 2007.

Test Pingback

Finalement, on peut faire des choses bien avec XUL

Vu sur outils froids, l'extension Reveal pour Firefox : affiche une photographie (thumbnail) des onglets ouverts et des pages présentes dans l'historique de navigation, permet de passer rapidement d'un thumbnail à un autre et plein d'autres choses : indispensable pour gérer sa navigation !

Krename pour renomer ces fichiers sous Linux (KDE)

Je cherchais un outils capable de renommer un ensemble de fichier rapidement. Il devait être capable de les numéroter.

Je l'ai trouvé, c'est Krename. Il permet de renommer mais aussi de copier et déplacer les fichiers.

Sous Mandriva un urpmi krename suffit pour l'installer. Il est alors intégré à Konqueror dans le menu "action".

Régler le problème d'éclairage en macrophotographie

Comment régler le problème de l'ombre créer par la longueur de l'objectif en macro photographie?

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Zoom en php/flash

Exemple, avec sources, de ce qu'on peut faire en flash et php sur du zoom d'image. Epoustouflant !

Eclipse 3.1.1 et plugins (php, css, js, xul)

Un petit memo pour la configuration et l'installation d'Eclipse.

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Ya un truc !

Une classe JavaScript légère encapsulant le fameux HttpRequest : Majax (Minimalistic Ajax)

Cartographie des communes de France

Localisation de toutes les communes de France, librement réutilisable ? L'exemple pour le département de l'hérault.

Plein d'autres projets également à découvrir sur locom.org

Annotation d'images

Plusieurs techniques différentes pour rendre une image réactive en jouant avec les CSS ou du Javascript, à réutiliser pour descrire une plante par exemple.

  • http://scribbling.net/dhtml-image-annotation
  • http://www.kryogenix.org/code/browser/annimg/annimg.html
  • http://evan.nixsys.bz/note/
  • http://www.frankmanno.com/ideas/css-imagemap/index.html
  • http://www.moryson.net/eintrag.cfm?eid=8
  • http://bitterpill.org/logid/1102894243000
  • http://conflix.soe.umich.edu/photos/

Tester vos design web dans Internet Explorer sous Linux

Utiliser Wine, Ies4Linux et Cabextract.

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Oublier Powerpoint, passer à S5!

Utiliser le xhtml et les standards pour créer une présentation lisible dans les navigateurs modernes.

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Convertir des fichiers textes d'un encodage à l'autre

Utilisation de l'outil en ligne de commande iconv sous GNU/Linux Mandriva LE2005

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